醫學工程部下設四個科室：1、醫療設備采購科；2、醫療設備維修科；3、醫用耗材采購科；4、醫療設備質量管理科。其中設備維修可以與質量管理合并。

四個科室相對獨立，但須必須又通力合作，才能完成醫療設備管理、醫療設備質量控制、物流管理、信息管理、科研管理及教學培訓等工作。醫學工程專業設置和人員配備，應形成從選型論證、質量控制、技術培訓、臨床試驗、風險管理，到維修維護、技術鑒定、資產管理一整套完備的醫學工程技術體系。各科室職能如下：

1、醫療設備采購科 :   

1）全院醫療設備的總體規劃

2）根據醫院財證預算，制定醫院年度采購計劃，并分解到每個月，每個季度。

3）完成年度計劃的論證調研，形成調研報告

4）組織招標參數

5）向醫工部主任、裝備管理委員會匯報工作。

2、醫療設備維修科：

1）完成全院醫療設備的維修工作（包括：巡檢、維修、保修調研等）

2）搶救設備調配                   

3）制定并執行設備的預保養、預維護計劃

4）制定設備質控指標，并完成質控任務

5）負責設備的報廢工作

6）研究設備功能利用與開發

3、醫用耗材采購科：

1）完成全院醫用耗材（包括一般耗材、高值耗材、化學試劑）的采購管理，包括調研論證、招標等工作                   

2）完成耗材庫房的管理：一級庫房與二級庫管理（驗收、登記、保管、出入庫、盤點等）

3）完成耗材配送物流管理

4、醫療設備質量管理科：

1）制定醫學工程部質量管理體系，制定并考核其他三個科室的質量考核指標，綜合目標管理目標

2）驗收管理

3）計量管理、壓力容器管理

4）安全管理、風險管理、器械不良事件管理

5）技術培訓、再教育、科研教學

6）信息管理：包括資產管理（按分類代碼科學管理）、賬務管理、檔案管理

7）設備使用、成本效益分析評價